Museets duodjisamling er basert på gjenstander som ble kjøpt inn etter to konkurranser år 2000 og 2005, som et ledd i museets arbeid med å bevare og formidle samisk håndverkstradisjon. Konkurransen i 2000 kom i stand etter forespørsel fra forretningsmann og duodjisamler Bernt Fossum i Oslo, som også bidro med midler til innkjøp av duodji. Det samme gjentok seg i 2005, og takket være Fossums interesse for duodji og generøsitet er Varanger Samiske Museum nå i besittelse av en flott duodjisamling som nå kan beskues på museet.

I 2003 ble gjenstander som ble kjøpt i 2000 laget om til en vandreutstilling som vandret land og strand fram til 2009. Denne vandreutstillingen står nå i museets inngangshall på ubestemt tid. Se turnéruta her.